Објашњење основних појмова молекуларне биологије
1. цДНК и цццДНК: цДНК је дволанчана ДНК синтетизована реверзном транскриптазом из мРНК;цццДНК је плазмидна дволанчана затворена кружна ДНК без хромозома.
2. Стандардна склопива јединица: јединица секундарне структуре протеина α-хеликс и β-лист могу да формирају структурне блокове са посебним геометријским распоредом кроз различите полипептиде за повезивање.Ова врста утврђеног савијања се обично назива супер секундарна структура.Скоро све терцијарне структуре могу се описати овим типовима преклапања, па чак и њиховим комбинованим типовима, па се називају и стандардним склопивим јединицама.
3. ЦАП: циклични аденозин монофосфат (цАМП) рецептор протеин ЦРП (цАМП рецептор протеин), комплекс који се формира након комбинације цАМП и ЦРП назива се активирајући протеин ЦАП (цАМП активирани протеин)
4. Палиндромска секвенца: Реверзна комплементарна секвенца сегмента фрагмента ДНК, често место рестрикционог ензима.
5. микроРНК: Комплементарна интерферирајућа РНК или антисенс РНК, која је комплементарна секвенци иРНК и може инхибирати транслацију мРНК.
6. Рибозим: РНК са каталитичком активношћу, која игра аутокаталитичку улогу у процесу спајања РНК.
7. Мотив: Постоје неки локални региони са сличним тродимензионалним обликом и топологијом у просторној структури протеинских молекула
8. Сигнални пептид: пептид са 15-36 аминокиселинских остатака на Н-крају током синтезе протеина, који води трансмембрану протеина.
9. Аттенуатор: Нуклеотидна секвенца између операторског региона и структурног гена који завршава транскрипцију.
10. Магична тачка: Када бактерија расте и наиђе на потпуни недостатак аминокиселина, бактерије ће произвести хитан одговор како би зауставиле експресију свих гена.Сигнали који генеришу овај хитан одговор су гванозин тетрафосфат (ппГпп) и гванозин пентафосфат (пппГпп).Улога ПпГпп и пппГпп није само један или неколико оперона, већ утиче на велики број њих, па се називају суперрегулатори или магичне тачке.
11. Упстреам промоторски елемент: односи се на ДНК секвенцу која игра регулаторну улогу у активности промотера, као што је ТАТА у -10 региону, ТГАЦА у -35 региону, појачивачи и атенуатори.
12. ДНК сонда: обележени сегмент ДНК са познатом секвенцом, који се широко користи за откривање непознатих секвенци и скрининг циљних гена.
13. СД секвенца: То је везујућа секвенца рибозома и иРНК, која регулише транслацију.
14. Моноклонско антитело: Антитело које делује само против једне антигене детерминанте.
15. Космид: То је вештачки конструисан егзогени ДНК вектор који задржава ЦОС регионе на оба краја фага и повезан је са плазмидом.
16. Скрининг плаво-белих тачака: ЛацЗ ген (који кодира β-галактозидазу), ензим може да разгради хромогени супстрат Кс-гал (5-бромо-4-хлоро-3-индол-β-Д-галактозид) да би произвео плаво, чинећи сој плавим.Када се убаци егзогена ДНК, ЛацЗ ген се не може експримирати, а сој је бео, како би се прегледале рекомбинантне бактерије.Ово се зове плаво-бели скрининг.
17. Цис-делујући елемент: Специфична секвенца база у ДНК која регулише експресију гена.
18. Кленов ензим: Велики фрагмент ДНК полимеразе И, осим што је активност 5' 3' егзонуклеазе уклоњена из холоензима ДНК полимеразе И
19. Усидрен ПЦР: користи се за амплификацију ДНК од интереса са познатом секвенцом на једном крају.Поли-дГ реп је додат на један крај непознате секвенце, а затим су поли-дЦ и позната секвенца коришћени као прајмери за ПЦР амплификацију.
20. Фузиони протеин: Ген еукариотског протеина је повезан са егзогеним геном, а протеин који се састоји од транслације оригиналног генског протеина и егзогеног протеина је истовремено експримиран.
Други термини молекуларне биологије
1. Физичка мапа ДНК је редослед у коме су (рестрикционом ендонуклеазом дигестирани) фрагменти молекула ДНК распоређени.
2. Цепање РНазе се дели на два типа (аутокатализа) и (хетерокатализа).
3. Постоје три фактора иницијације код прокариота су (ИФ-1), (ИФ-2) и (ИФ-3).
4. Трансмембрански протеини захтевају вођење (сигнални пептиди), а улога протеинских шаперона је (помаже да се пептидни ланац савије у нативну конформацију протеина).
5. Елементи у промотерима се генерално могу поделити у два типа: (елементи језгра промотера) и (упстреам промотерски елементи).
6. Истраживачки садржај молекуларне биологије углавном обухвата три дела: (структурна молекуларна биологија), (експресија и регулација гена) и (технологија рекомбинације ДНК).
7. Два кључна експеримента која показују да је ДНК генетски материјал су (пнеумококна инфекција мишева) и (инфекција Т2 фагом Есцхерицхиа цоли).потенцијал).
8. Постоје две главне разлике између хнРНК и мРНК: (хнРНА се спаја у процесу претварања у мРНК), (5' крај мРНК се додаје капом м7пГппп, а постоји додатна полиаденилација на 3' крају мРНК киселог (полиА) репа).
9. Предности облика протеина са више подјединица су (подјединица је економичан метод за коришћење ДНК), (може смањити утицај случајних грешака у синтези протеина на активност протеина), (активност може бити веома ефикасно и брзо се отвара и затвара).
10. Главни садржај механизма савијања протеина прва теорија нуклеације укључује (нуклеацију), (структурно обогаћивање), (коначно преуређење).
11. Галактоза има двоструки ефекат на бактерије;с једне стране (може се користити као извор угљеника за раст ћелија);с друге стране (такође је компонента ћелијског зида).Због тога је за трајну синтезу на позадинском нивоу потребан цАМП-ЦРП независан промотер С2;у исто време, цАМП-ЦРП зависан промотер С1 је потребан да регулише синтезу високог нивоа.Транскрипција почиње од (С2) са Г и од (С1) без Г.
12. Технологија рекомбинантне ДНК је такође позната као (клонирање гена) или (молекуларно клонирање).Крајњи циљ је (пренос генетске информације ДНК из једног организма у други организам).Типичан експеримент рекомбинације ДНК обично укључује следеће кораке: (1) Екстрахујте циљни ген (или егзогени ген) донаторског организма и ензимски га повежите са другим молекулом ДНК (вектор за клонирање) да би се формирао нови рекомбинантни ДНК молекул.② Рекомбинантни молекул ДНК се преноси у ћелију примаоца и реплицира у ћелији примаоцу.Овај процес се назива трансформација.③ Прегледајте и идентификујте ћелије примаоца које су апсорбовале рекомбинантну ДНК.④Култивишите ћелије које садрже рекомбинантну ДНК у великим количинама да бисте открили да ли је експримиран ген за страну помоћ.
13. Постоје два типа репликације плазмида: они који су строго контролисани синтезом протеина ћелије домаћина називају се (затегнути плазмиди), а они који нису стриктно контролисани синтезом протеина ћелије домаћина називају се (опуштени плазмиди).
14. ПЦР реакциони систем треба да има следеће услове: а.ДНК прајмери (око 20 база) са комплементарним секвенцама на сваком крају два ланца циљног гена које треба раздвојити.б.Ензими са термичком стабилношћу као што су: ТагДНК полимераза.ц, дНТПд, ДНК секвенца од интереса као шаблон
15. Основни реакциони процес ПЦР обухвата три фазе: (денатурација), (жарење) и (екстензија).
16. Основни процес трансгених животиња обично укључује: ①Уношење клонираног страног гена у језгро оплођеног јајета или ембрионалне матичне ћелије;②Трансплантација инокулисаног оплођеног јајета или ембрионалне матичне ћелије у женску материцу;③Комплетан ембрионални развој и раст За потомство са страним генима;④ Користите ове животиње које могу да производе стране протеине као приплодну стоку за узгој нових хомозиготних линија.
17. Хибридомске ћелијске линије се генеришу хибридизацијом (Б слезине) ћелија са (мијелом) ћелијама, а пошто (ћелије слезине) могу да искористе хипоксантин и (ћелије костију) обезбеђују функције деобе ћелија, оне се могу узгајати у ХАТ медијуму.расти.
18. Продубљивањем истраживања прва генерација антитела се назива (поликлонска антитела), друга генерација (моноклонска антитела), а трећа генерација (антитела генетског инжењеринга).
19. Тренутно је генетски инжењеринг вируса инсеката углавном усмерен на бакуловирус, који се манифестује уношењем (гена егзогеног токсина);(гени који ремете нормалан животни циклус инсеката);(модификација вирусних гена).
20. Трансактивни протеински фактори који одговарају заједничким елементима ТАТА, ГЦ и ЦААТ у промотору РНК полимеразе ИИ сисара су (ТФИИД), (СП-1) и (ЦТФ/НФ1), респективно.
двадесет један.Основни фактори транскрипције РНК полимеразе Ⅱ су ТФⅡ-А, ТФⅡ-Б, ТФИИ-Д, ТФⅡ-Е, а секвенца њиховог везивања је: (Д, А, Б, Е).При чему је функција ТФИИ-Д (везивање за ТАТА кутију).
двадесет два.Већина фактора транскрипције који се везују за ДНК раде у облику димера.Функционални домени транскрипционих фактора који се везују за ДНК су обично следећи (хеликс-завој-хеликс), (мотив цинковог прста), (основни-леуцин) мотив затварача).
двадесет три.Постоје три типа режима цепања рестрикцијске ендонуклеазе: (сече се на 5' страни осе симетрије да би се генерисали 5' лепљиви крајеви), (сече се на 3' страни осе симетрије да би се генерисали 3' лепљиви крајеви (исеците на оси симетрије да бисте генерисали равне сегменте)).
двадесет четири.Плазмидна ДНК има три различите конфигурације: (СЦ конфигурација), (оц конфигурација), (Л конфигурација).Први у електрофорези је (СЦ конфигурација).
25. Системи егзогене експресије гена, углавном (Есцхерицхиа цоли), (квасац), (Инсект) и (табела ћелија сисара).
26. Методе које се најчешће користе за трансгене животиње су: (метода ретровирусне инфекције), (метода микроињекције ДНК), (метода ембрионалних матичних ћелија).
Примена Молекуларна биологија
1. Наведите функције више од 5 РНК?
Трансфер РНК тРНК Трансфер аминокиселине Рибозома РНК рРНК Рибосом чини компоненте РНК мРНА мРНК Шаблон за синтезу протеина Хетерогена нуклеарна РНК хнРНА Прекурсор зреле мРНК мала нуклеарна РНК снРНА Укључена у спајање хнРНК Мала цитоплазматска РНК сцРНА/7СЛ-РНК сигнализовани сигнал антирев. РНК анРНА/мицРНА Регулише експресију гена Рибозим РНК Ензимски активна РНК
2. Која је главна разлика између прокариотских и еукариотских промотера?
Прокариотски ТТГАЦА --- ТАТААТ------Иницијацијско место-35 -10 Еукариотски појачивач---ГЦ ---ЦААТ----ТАТАА-5мГпп-Иницијацијско место-110 -70 -25
3. Који су главни аспекти вештачке конструкције природних плазмида?
Природни плазмиди често имају дефекте, тако да нису погодни за употребу као носачи за генетски инжењеринг, и морају бити модификовани и конструисани: а.Додајте одговарајуће гене селекционе маркере, као што су два или више, који се лако користе за селекцију, обично антибиотске гене.б.Повећајте или смањите погодна места за сечење ензима да бисте олакшали рекомбинацију.ц.Скратите дужину, одрежите непотребне фрагменте, побољшајте ефикасност увоза и повећајте капацитет утовара.д.Промените репликон, из чврстог у лабав, са мање копија на више копија.е.Додајте посебне генетске елементе према посебним захтевима генетског инжењеринга
4. Наведите пример методе за диференцијални скрининг ткивно специфичне цДНК?
Припремљене су две ћелијске популације, циљни ген је експримиран или високо експримиран у једној од ћелија, а циљни ген није експримиран или ниско експримиран у другој ћелији, а затим је циљни ген пронађен хибридизацијом и поређењем.На пример, током појаве и развоја тумора, туморске ћелије ће представити мРНК са различитим нивоима експресије од нормалних ћелија.Према томе, гени повезани са тумором могу бити скринирани диференцијалном хибридизацијом.Метода индукције се такође може користити за скрининг гена чија је експресија индукована.
5. Генерисање и скрининг ћелијских линија хибридома?
Б ћелије слезине + ћелије мијелома, додајте полиетилен гликол (ПЕГ) да би се подстакла фузија ћелија, а фузионе ћелије Б-мијелома слезине узгајане у ХАТ медијуму (који садржи хипоксантин, аминоптерин, Т) настављају да проширују храну.Фузија ћелија садржи: фузионе ћелије слезине и слезине: не могу да расту, ћелије слезине се не могу узгајати ин витро.Ћелије фузије кости и кости: не могу да искористе хипоксантин, али могу да синтетишу пурин кроз други пут користећи фолат редуктазу.Аминоптерин инхибира фолат редуктазу и стога не може расти.Фузионе ћелије кости и слезине: могу да расту у ХАТ, ћелије слезине могу да користе хипоксантин, а ћелије костију обезбеђују функцију деобе ћелија.
6. Који је принцип и начин одређивања примарне структуре ДНК методом дидеокси терминалне терминације (Сангер метода)?
Принцип је да се користи терминатор нуклеотидног ланца—2,,3,-дидеоксинуклеотид да се прекине продужетак ДНК.Пошто му недостаје 3-ОХ потребан за формирање 3/5/фосфодиестарских веза, када се једном угради у ланац ДНК, ланац ДНК се не може даље продужити.Према принципу упаривања база, кад год је ДНК полимерази потребан дНМП да учествује у нормално продуженом ДНК ланцу, постоје две могућности, једна је да учествује у ддНТП, што резултира прекидом продужетка деоксинуклеотидног ланца;други је да учествује у дНТП, тако да ланац ДНК и даље може да настави да се протеже док се следећи ддНТП не угради.Према овој методи, може се добити група фрагмената ДНК различите дужине који се завршавају ддНТП.Метода је да се подели у четири групе, односно ддАМП, ддГМП, ддЦМП и ддТМП.Након реакције, електрофореза на полиакриламидном гелу може очитати ДНК секвенцу према пливајућим тракама.
7. Какав је позитиван регулациони ефекат активаторског протеина (ЦАП) на транскрипцију?
Протеин цикличког аденилата (цАМП) рецептора ЦРП (цАМП рецептор протеин), комплекс формиран комбинацијом цАМП и ЦРП назива се ЦАП (цАМП активирани протеин).Када се Е. цоли узгаја у медијуму без глукозе, синтеза ЦАП се повећава, а ЦАП има функцију активирања промотера као што је лактоза (Лац).Неким ЦРП-зависним промотерима недостаје типична карактеристика секвенце региона -35 (ТТГАЦА) коју имају уобичајени промотери.Због тога је РНК полимерази тешко да се веже за њу.Присуство ЦАП (функција): може значајно побољшати константу везивања ензима и промотера.Углавном показује следећа два аспекта: ① ЦАП помаже молекулу ензима да се правилно оријентише променом конформације промотера и интеракцијом са ензимом, тако да се комбинује са -10 регионом и игра улогу замене функције -35 региона.②ЦАП такође може инхибирати везивање РНК полимеразе за друга места у ДНК, чиме се повећава вероватноћа везивања за њен специфични промотер.
8. Који кораци се обично укључују у типичан експеримент рекомбинације ДНК?
а.Екстрахујте циљни ген (или егзогени ген) донаторског организма и ензимски га повежите са другим молекулом ДНК (вектором за клонирање) да бисте формирали нови рекомбинантни ДНК молекул.б.Пренесите рекомбинантни молекул ДНК у ћелију примаоца и реплицирајте га и сачувајте у ћелији примаоцу.Овај процес се назива трансформација.ц.Прегледајте и идентификујте оне ћелије примаоца које су апсорбовале рекомбинантну ДНК.д.Масовна култура ћелија које садрже рекомбинантну ДНК да би се открило да ли је експримиран ген за страну помоћ.
9. Конструкција библиотеке гена Дате су три методе за скрининг рекомбинаната и процес је укратко описан.
Скрининг резистенције на антибиотике, инсерциона инактивација резистенције, скрининг плаво-белих тачака или ПЦР скрининг, диференцијални скрининг, ДНК сонда Већина вектора за клонирање носи гене отпорности на антибиотике (анти-ампицилин, тетрациклин).Када се плазмид пренесе у Есцхерицхиа цоли, бактерије ће стећи отпорност, а оне без трансфера неће имати отпор.Али не може да разликује да ли је реорганизован или не.У вектору који садржи два гена отпорности, ако се страни фрагмент ДНК убаци у један од гена и изазове инактивацију гена, две контроле плоче које садрже различите лекове могу се користити за скрининг позитивних рекомбинаната.На пример, плазмид пУЦ садржи ЛацЗ ген (који кодира β-галактозидазу), који може да разгради хромогени супстрат Кс-гал (5-бромо-4-хлоро-3-индол-β-Д-галактозид) да би произвео плаво, претварајући сој у плаво.Када се убаци страна ДНК, ЛацЗ ген се не може експримирати, а сој је беле боје, како би се прегледале рекомбинантне бактерије.
10. Објасните основни процес добијања трансгених животиња путем ембрионалних матичних ћелија?
Ембрионалне матичне ћелије (ЕС) су ембрионалне ћелије током ембрионалног развоја, које се могу вештачки узгајати и размножавати и имају функцију диференцијације у друге типове ћелија.Култура ЕС ћелија: Унутрашња ћелијска маса бластоцисте је изолована и култивисана.Када се ЕС узгаја у слоју без хранилице, он ће се диференцирати у различите функционалне ћелије као што су мишићне ћелије и Н ћелије.Када се узгаја у медијуму који садржи фибробласте, ЕС ће одржати функцију диференцијације.ЕС се може генетски манипулисати, а његова функција диференцијације може се интегрисати без утицаја на његову функцију диференцијације, што решава проблем насумичне интеграције.Увести егзогене гене у ембрионалне матичне ћелије, затим имплантирати у материцу трудних женки мишева, развити се у штенад и укрштати да би се добили хомозиготни мишеви.
