• Фејсбук
  • линкедин
  • ЈуТјуб

Појава САРС-ЦоВ-2 Б.1.1.7 Линија

Сједињене Америчке Државе, 29. децембар 202012. јануара 2021

Суммер Е. Галловаи, ПхД 1 ;др Прабасај Паул 1 ;Дунцан Р. МацЦаннелл, ПхД 2;др Мицхаел А. Јоханссон 1 ;

Јохн Т. Броокс, МД 1;др Адам Мекнил 1;Рацхел Б. Слаитон, ПхД 1 ;Сукианг Тонг, ПхД 1;Бењамин Ј. Силк, ПхД 1 ;Грегори Л. Армстронг, МД 2;

Маттхев Биггерстафф, СцД 1;Вивиен Г. Дуган, ПхД

15. јануара 2021. овај извештај је објављен као ММВРРано објављивање на веб локацији ММВР (хттпс://ввв.цдц.гов/ммвр).

Уједињено Краљевство је известило 14. децембра 2020забрињавајућа варијанта САРС-ЦоВ-2 (ВОЦ), линија Б.1.1.7,такође се назива ВОЦ 202012/01 или 20И/501И.В1.*Процењује се да се варијанта Б.1.1.7 појавила у септембру2020. и брзо је постао доминантан у оптицајуСАРС-ЦоВ-2 варијанта у Енглеској (1).Б.1.1.7 је биооткривено у преко 30 земаља, укључујући Сједињене Државе.Каоод 13. јануара 2021. године, приближно 76 случајева Б.1.1.7 имајуоткривен је у 12 америчких држава.Више линија доказауказују да се Б.1.1.7 ефикасније преноси него што једруге варијанте САРС-ЦоВ-2 (13).Моделована путања одова варијанта у САД показује брз раст почетком 2021.постаје преовлађујућа варијанта у марту.ПовећаноПреношење САРС-ЦоВ-2 може угрозити здравствену заштитуресурса, захтевају проширену и ригорознију применустратегија јавног здравља (4), и повећати проценат одпопулациони имунитет потребан за контролу пандемије.Узимањемере за смањење преноса сада могу смањити потенцијалутицај Б.1.1.7 и дозволити критично време за повећање вакцинеција покривеност.Заједно, појачан геномски надзору комбинацији са сталним поштовањем ефективне јавностиздравствене мере, укључујући вакцинацију, физичко дистанцирање,употреба маски, хигијена руку и изолација и карантинбити од суштинског значаја за ограничавање ширења вируса САРС-ЦоВ-2која изазива болест корона вируса 2019 (ЦОВИД-19).Стратешкитестирање особа без симптома, али са већим ризиком одинфекција, као што су они који су били изложени САРС-ЦоВ-2 или који имајучести неизбежни контакти са јавношћу, обезбеђује другомогућност да се ограничи тренутно ширење.

Глобални геномски надзор и брзи отворени кодУношење секвенци вирусног генома је олакшало скоро у реалном временуоткривање, поређење и праћење САРС-ЦоВ-2 у развојуваријанте које могу информисати напоре јавног здравља да контролишупандемија.Док су неке мутације у вирусном геномукада се појаве, а затим се повуку, други би могли дати селективну предносттаге на варијанту, укључујући побољшану преносивост, тако датаква варијанта може брзо да доминира другим циркулишућим варијантама.

На почетку пандемије, варијанте САРС-ЦоВ-2 које садржеД614Г мутација у шиљку (С) протеину која се повећаваавидност везивања рецептора брзо је постала доминантна код многихгеографски региони (5,6).У касну јесен 2020. године, више земаља је пријавило откривањеВаријанте САРС-ЦоВ-2 које се ефикасније шире.Додатнодо варијанте Б.1.1.7, значајне варијанте укључују Б.1.351лоза први пут откривена у Јужној Африци и недавно идентификованаБ.1.1.28 поткласа (преименованаП.1) откривена код четири путникаиз Бразила током рутинске пројекције у Ханеди (Токио)аеродром.§ Ове варијанте носе констелацију генетских мутације, укључујући домен за везивање рецептора С протеина,који је неопходан за везивање за ангиотензин ћелије домаћина-претварање ензима-2 (АЦЕ-2) рецептора за олакшавање вирусаулазак.Докази сугеришу да су у њима пронађене и друге мутацијеваријанте могу дати не само повећану преносивост већтакође може утицати на перформансе неке дијагностике у реалном временуреверзна транскрипцијаланчана реакција полимеразе (РТ-ПЦР)есејии смањити осетљивост на неутрализујућа антитела(2,3,510).Недавни извештај случаја документовао је први случајРеинфекција САРС-ЦоВ-2 у Бразилу са варијантом САРС-ЦоВ-2који је садржао мутацију Е484К,** што је показанода се смањи неутрализација реконвалесцентним серумима и моноклонскимантитела (9,10).

Овај извештај се фокусира на појаву варијанте Б.1.1.7У Сједињеним Америчким Државама.Од 12. јануара 2021. ниБ.1.351 нити П.1 варијанте су откривене уАмерика.За информације о настанку САРС-ЦоВ-2варијанте забринутости, ЦДЦ одржава веб страницу посвећенупружање информација о новим варијантама САРС-ЦоВ-2.††

 Б.1.1.7 линија (20И/501И.В1)

Варијанта Б.1.1.7 носи мутацију у С протеину(Н501И) који утиче на конформацију везивања рецепторадомена.Ова варијанта има 13 других Б.1.1.7 мутација које дефинишу лозу (табела), од којих се неколико налази у С протеину,укључујући брисање на позицијама 69 и 70 (дел6970) тоспонтано еволуирао у другим варијантама САРС-ЦоВ-2 и јестепретпостављено да повећава преносивост (2,7).Брисањена позицијама 69 и 70 узрокује неуспјех циља С-гена (СГТФ)у најмање једном РТ-ПЦРзасновани дијагностички тест (тјТхермоФисхер Так Патх тест ЦОВИД-19, варијанта Б.1.1.7ант и друге варијанте са дел6970 производи негативанрезултат за циљ С-гена и позитиван резултат за друга двамете);СГТФ је служио као заступник у Уједињеном Краљевствуза идентификацију случајева Б.1.1.7 (1).Више доказа указује да је Б.1.1.7 вишеефикасно преноси у поређењу са другим САРС-ЦоВ-2варијанте које круже у Уједињеном Краљевству.УК региони савећи удео секвенци Б.1.1.7 имао је бржу епидемијураст него у другим областима, дијагноза са СГТФ се повећалабрже него код не-СГТФ дијагнозе у истим областима, и авећи проценат контаката заражен је индексним пацијентимаса инфекцијама Б.1.1.7 него код индексних пацијената инфицираних саостале варијанте (1,3).Варијанта Б.1.1.7 има потенцијал да повећа пан у САДдемијска путања у наредним месецима.Да бисмо илустровали овај ефекат,развијен је једноставан двоваријантни модел одељења.Тренутна распрострањеност Б.1.1.7 у САД међу свима који циркулишувируси су непознати, али се сматра да су <0,5% на основуограничен број откривених случајева и подаци СГТФ-а (8).Замодела, почетне претпоставке су укључивале распрострањеност Б.1.1.7од 0,5% међу свим инфекцијама, имунитет на САРС-ЦоВ-2претходна инфекција од 10%30%, репродукција која варира у временуброј (Р т ) од 1,1 (ублажен, али све већи пренос)или 0,9 (смањење преноса) за тренутне варијанте, а пријављена је инциденца од 60 случајева на 100.000 особа дневно на дан1. јануара 2021. Ове претпоставке не представљају прецизнобило коју појединачну локацију у САД, већ указује на генерализацијууслови уобичајени широм земље.Промена у Р т прековреме које произилази из стеченог имунитета и повећава превмодел Б.1.1.7, уз претпоставку да је Б.1.1.7 Р тда буде константа 1,5 пута већа од Р т тренутних варијанти, на основупочетне процене Уједињеног Краљевства (1,3).Затим је моделован потенцијални утицај вакцинацијепод претпоставком да је примењено 1 милион доза вакцине подан који почиње 1. јануара 2021. године и то 95% имунитетаје постигнут 14 дана након пријема 2 дозе.конкретно,имунитет против инфекције било тренутним варијантама илиПретпостављена је варијанта Б.1.1.7, иако је ефективност итрајање заштите од инфекције остаје неизвесно,јер то није била примарна крајња тачка клиничких испитивањаза почетне вакцине.У овом моделу, преваленција Б.1.1.7 је у почетку ниска, али зато штопреносивији је од садашњих варијанти, показујебрз раст почетком 2021. године, постајући доминантна варијмрав у марту (слика 1).Да ли пренос струјеваријанти расте (почетно Р т = 1,1) или полако опада(почетно Р т = 0,9) у јануару, Б.1.1.7 доводи до значајне променеу путањи преноса и нова фаза експоненцијалнограст.Уз вакцинацију која штити од инфекције,ране путање епидемије се не мењају и Б.1.1.7 се ширии даље јавља (слика 2).Међутим, након што Б.1.1.7 постанедоминантна варијанта, његов пренос је знатно смањен.Утицај вакцинације на смањење преноса у блиској близинитермин је био највећи у сценарију у којем је био преносвећ се смањује (почетно Р т = 0,9) (слика 2).Рани напори којиможе ограничити ширење варијанте Б.1.1.7, као што су универзални иповећана усклађеност са стратегијама ублажавања утицаја јавног здравља,ће омогућити више времена за текућу вакцинацију да се постигне вишиимунитет на нивоу популације.

Дискусија

Тренутно не постоји позната разлика у клиничким исходимаповезане са описаним варијантама САРС-ЦоВ-2;Међутим,већа стопа преноса ће довести до више случајева, што ће се повећатиукупан број особа којима је потребна клиничка нега, назспуштајући терет на већ напети систем здравствене заштите,и што је резултирало више смртних случајева.Наставак геномског надзорада се идентификују случајеви Б.1.1.7, као и појава другихваријанте забринутости у Сједињеним Државама, важно је заОдговор јавног здравља на ЦОВИД-19.Док резултати СГТФ-аможе помоћи у идентификацији потенцијалних случајева Б.1.1.7 који се могу потврдитисеквенционирањем, идентификовањем приоритетних варијанти које се не показујуСГТФ се ослања искључиво на надзор заснован на секвенци.

 

 

 

Ознака варијанте

Прва идентификација  

Карактеристичне мутације

(протеин: мутација)

Број актуелних случајева потврђених секвенцом бр

земље са

секвенце

Локација Датум Америка широм света  
Б.1.1.7 (20И/501И.В1) Велика Британија Сеп 2020 ОРФ1аб: Т1001И, А1708Д, И2230Т,

дел36753677 СГФ

С: дел6970 ХВ, дел144 И, Н501И,

А570Д, Д614Г, П681Х, Т761И,

С982А, Д1118Х

ОРФ8: К27стоп, Р52И, И73Ц

Н: Д3Л, С235Ф

76 15,369 36
Б.1.351 (20Х/501И.В2) Јужна Африка октобар 2020 ОРФ1аб: К1655Н

Е: П71Л

Н: Т205И

С:К417Н, Е484К, Н501И, Д614Г,

А701В

0 415 13

 

П.1 (20Ј/501И.В3 Бразил и Јапан Јануар 2021 ОРФ1аб: Ф681Л, И760Т, С1188Л,

К1795К, дел36753677 СГФ, Е5662Д

С: Л18Ф, Т20Н, П26С, Д138И, Р190С,

К417Т, Е484К, Н501И, Д614Г,

Х655И, Т1027И

ОРФ3а: Ц174Г

ОРФ8: Е92К

ОРФ9: К77Е

ОРФ14: В49Л

Н: П80Р

0 35 2

 

Скраћенице: дел = брисање;Е = протеин омотача;Н = нуклеокапсидни протеин;ОРФ = отворени оквир за читање;С = спике протеин.

Искуство у Уједињеном Краљевству и модели Б.1.1.7представљени у овом извештају илуструју утицај заразнијеваријанта може имати на број случајева у популацији.Тхеповећана преносивост ове варијанте захтева још вишеригорозно комбиновано спровођење вакцинације и митигемере (нпр. дистанцирање, маскирање и хигијена руку)за контролу ширења САРС-ЦоВ-2.Ове мере ће битиефикасније ако се уведу пре него касниједа успори почетно ширење варијанте Б.1.1.7.Напори даприпремити здравствени систем за даље скокове у случајевима сугарантовано.Повећана преносивост такође значи да је већанего се мора постићи предвиђени обухват вакцинацијомпостићи исти ниво контроле болести ради заштите јавностиу поређењу са мање преносивим варијантама.У сарадњи са академским, индустријским, државним, територијалним,племенске и локалне партнере, ЦДЦ и друге савезне агенцијекоординирају и побољшавају геномски надзор инапори за карактеризацију вируса широм Сједињених Држава.CDCкоординира напоре САД за секвенционирање кроз САРС-ЦоВ-2Редослед одговора на ванредне ситуације јавног здравља,Епидемиологија и надзор (СФЕРЕ)§§конзорцијум,који укључује око 170 институција које учествују и промовише отворену размену података како би се олакшала употреба САРС-ЦоВ-2подаци о секвенци.Да би пратио еволуцију вируса САРС-ЦоВ-2, ЦДЦ јеспровођење вишестраног геномског надзора да би се разумелоепидемиолошки, имунолошки и еволутивни процесикоји обликују вирусне филогеније (филодинамика);води избијањеистраге;и олакшати откривање и карактеризацијуција могућих реинфекција, случајеви продора вакцине инове вирусне варијанте.У новембру 2020. основан је ЦДЦНационални програм за надзор сојева САРС-ЦоВ-2 (НС3).побољшати репрезентативност домаћег САРС-ЦоВ-2секвенце.Програм сарађује са 64 америчке јавностиздравствене лабораторије за подршку систему геномског надзора;НС3 такође гради колекцију узорака САРС-ЦоВ-2 анд секвенце за подршку одговору јавног здравља и научнимистраживање за процену утицаја мутација које се тичу напостојеће препоручене медицинске противмере.ЦДЦ иматакође склопио уговор са неколико великих комерцијалних клиничких лабораторијатори да брзо секвенционирају десетине хиљада САРС-ЦоВ-2позитивних примерака сваког месеца и финансирао је седам академскихинституције да у партнерству спроводе геномски надзорса агенцијама за јавно здравље, чиме се значајно повећавадоступност благовремених података геномског надзора са свих странаСједињене Државе.Поред ових националних иницијатива,многе државне и локалне агенције за јавно здравство одређују редослед

СЛИКА 1. Симулиране путање инциденције* тренутних САРС-ЦоВ-2 варијанти и варијанте Б.1.1.7,под претпоставком да нема вакцинације у заједниции или почетни Р т = 1,1 (А) или почетни Р т = 0,9 (Б) за тренутне варијантеСједињене Америчке Државе, јануараприл 2021

 

Слика 1
слика 2
скраћенице
Слика 1

САРС-ЦоВ-2 ради бољег разумевања локалне епидемиологије иподржати одговор јавног здравља на пандемију.Налази у овом извештају подлежу најмање три ограничењатације.Прво, величина повећања трансмисибилу Сједињеним Државама у поређењу са оним уоченим уУједињено Краљевство остаје нејасно.Друго, распрострањеностБ.1.1.7 у Сједињеним Државама је такође непознат у овом тренутку, алиоткривање варијанти и процена преваленције ће се побољшатиуз појачане напоре САД за надзор.Коначно, локална митигамере су такође веома променљиве, што доводи до варијација уР т .Специфични резултати представљени овде су засновани на симулацијии претпоставили су да нема промена у ублажавању после 1. јануара.Повећана преносивост Б.1.1.7 варијанте ратаизговара ригорозну примену стратегија јавног здравља дасмањити пренос и умањити потенцијални утицај Б.1.1.7,куповина критичног времена за повећање обухвата вакцинацијом.ЦДЦ'Сподаци моделирања показују да је универзална употреба и повећана комплимерама ублажавања и вакцинацијом су од кључне важности зазначајно смањити број новозаражених и умрлих унаредних месеци.Даље, стратешко тестирање особа безсимптома ЦОВИД-19, али који су под повећаним ризиком заинфекција САРС-ЦоВ-2, пружа још једну прилику даограничити текуће ширење.Колективно, побољшан геномски надзорланце у комбинацији са повећаном усклађеношћу са јавним здрављемстратегије ублажавања, укључујући вакцинацију, физичку дистанцуношење, коришћење маски, хигијена руку и изолација и карантин,биће од суштинског значаја за ограничавање ширења САРС-ЦоВ-2 изаштите јавног здравља.

Признања

Чланови редоследа за ванредне ситуације јавног здрављаконзорцијум за одговор, епидемиологију и надзор;државни и локалнилабораторије јавног здравља;Удружење лабораторија за јавно здравље;ЦДЦ ЦОВИД-19 тим за одговор;Огранак респираторних вируса,Одсек за вирусне болести, ЦДЦ. Формулар комитета уредника медицинских часописа за откривање потенцијаласукоби интереса.Није откривен ниједан потенцијални сукоб интереса.

Референце

1. Јавно здравље Енглеске.Истрага нове варијанте САРС-ЦоВ-2: варијанта забринутости 202012/01, технички брифинг 3. Лондон, Уједињено Краљевство: јавно здравље Енглеске;2020. хттпс://ассетс.публисхинг.сервице.гов.ук/говернмент/уплоадс/систем/уплоадс/аттацхмент_дата/филе/950823/Вариант_оф_Цонцерн_ВОЦ_202012_01_Тецхницал_Бриефинг_3_-_Енгланд.пдф
2. Кемп СА, Харвеи ВТ, Датир РП, ет ал.Понављано појављивање и пренос делеције шиљака САРС-ЦоВ-2 ΔХ69/В70.биоРкив [Препринт објављен на мрежи 14. јануара 2021.].хттпс://ввв.биоркив.орг/цонтент/10.1101/2020.12.14.422555в4
3. Волз Е, Мисхра С, Цханд М, ет ал.Пренос САРС-ЦоВ-2 лозе Б.1.1.7 у Енглеској: увиди из повезивања епидемиолошких и генетских података.медРкив [Препринт објављен на мрежи 4. јануара 2021.].хттпс://ввв.медркив.орг/цонтент/10.1101/2020.12.30.20249034в2
4. Хонеин МА, Цхристие А, Росе ДА, ет ал.;ЦДЦ ЦОВИД-19 тим за одговор.Резиме смерница за стратегије јавног здравља за решавање високог нивоа преноса САРС-ЦоВ-2 у заједници и повезаних смртних случајева, децембар 2020. ММВР Морб Мортал Вкли Реп 2020;69:1860–7.ПМИД:33301434 хттпс://дои.орг/10.15585/10.15585
5. Волз Е, Хилл В, МцЦроне ЈТ, ет ал.;ЦОГ-УК конзорцијум.Процена ефеката САРС-ЦоВ-2 шпиц мутације Д614Г на преносивост и патогеност.Целл 2021;184:64–75.е11.ПМИД:33275900 хттпс://дои.орг/10.1016/ј.целл.2020.11.020
6. Корбер Б, Фисцхер ВМ, Гнанакаран С, ет ал.;Схеффиелд ЦОВИД-19 Геномицс Гроуп.Праћење промена у порасту САРС-ЦоВ-2: доказ да Д614Г повећава инфективност вируса ЦОВИД-19.Ћелија
2020;182:812–27.ПМИД:32697968 хттпс://дои.орг/10.1016/ј.целл.2020.06.043
7. МцЦартхи КР, Ренницк Љ, Намнулли С, ет ал.Природна брисања у САРС-ЦоВ-2 шик гликопротеина изазивају бекство антитела.биоРкив [Препринт објављен на мрежи 19. новембра 2020.].хттпс://ввв.биоркив.орг/цонтент/
10.1101/2020.11.19.389916в18.Васхингтон НЛ, Вхите С, Сцхиабор КМ, Цирулли ЕТ, Болзе А, Лу ЈТ.С обрасци напуштања гена у тестовима САРС-ЦоВ-2 указују на ширење мутације Х69дел/В70дел у САД.медРкив [Препринт објављен на мрежи 30. децембра 2020.].хттпс://ввв.медркив.орг/цонтент/10.1101/2020.12.24.20248814в1
9. Веисблум И, Сцхмидт Ф, Зханг Ф, ет ал.Бекство од неутрализујућих антитела варијантама протеина САРС-ЦоВ-2.еЛифе 2020;9:е61312.ПМИД:33112236 хттпс://дои.орг/10.7554/еЛифе.61312
10. Греанеи АЈ, Лоес АН, Цравфорд КХД, ет ал.Свеобухватно мапирање мутација на домен који везује рецептор САРС-ЦоВ-2 које утичу на препознавање од стране поликлонских хуманих серумских антитела.биоРкив [Препринт објављен на мрежи 4. јануара 2021.].хттпс://ввв.биоркив.орг/цонтент/10.1101/2020.12.31.425021в1


Време поста: Феб-11-2021