Према принципу комплементарног упаривања база ДНК, МАЛТ1 наранџасто-црвена сонда и МАЛТ1 зелена сонда коришћене су за хибридизацију са циљном секвенцом ДНК у језгру, а информације о стању гена у језгру су посматране и анализиране под флуоресцентним микроскопом.