Према принципу комплементарног упаривања база ДНК, ЦЦНД1 наранџасто-црвена сонда и ИГХ зелена сонда коришћене су за хибридизацију са циљном секвенцом ДНК у језгру, а информације о стању гена у језгру су посматране и анализиране под флуоресцентним микроскопом.